一般皆須採用氣管插管全身性麻醉，手術方式依尿道開口位置或尿道缺陷長短而有不同；也依手術醫師個人的經驗而異。原則上首先先去除纖維帶矯治陰莖彎曲，陰莖挺直之後，尿道口至龜頭頂端間的尿道缺陷，就是亟待完成的尿道。下一步，新生尿道成形術，可以自身的尿道板（尿道口至龜頭頂端間的平狀組織）完成，或以包皮皮瓣覆蓋尿道板，或以包皮皮瓣捲成尿道管補尿道缺陷。因此尿道板的發育健全與否及是否有足夠的包皮使用，大大影響新生尿道成形術的步驟。因為包皮是尿道上皮的重要來源，包皮切割手術於尿道下裂患者是禁忌。再下一步為龜頭成形術，放置固定導尿管。包紮完成。六個月後，完成生殖器外觀整形，如陰囊整形術。

因此，這一階段手術時間長短或手術複雜度，依尿道開口位置或尿道缺陷長短而定；可以只是尿道口前移或複雜地將包皮皮瓣捲成尿道管補尿道缺陷，若您的小朋友有此種問題，請向泌尿科醫師詢問。